PPO Rotterdam maakt jaarlijks een begroting. De inkomsten van het samenwerkingsverband bestaan uit rijksbijdragen. Deze rijksbijdragen zijn gebaseerd op het leerlingenaantal. Deze gelden worden door het samenwerkingsverband ingezet voor de uitvoering van wettelijk vastgesteld beleid en beleid van het samenwerkingsverband zelf.
De uitgaven van het samenwerkingsverband bestaan uit doorbetalingen aan het speciaal en het speciaal basisonderwijs, bekostiging van de onderwijs arrangeerteams en doorbetalingen aan reguliere basisscholen voor professionalisering en het inkopen van ondersteuning en maatregelingen.
De begroting wordt vastgesteld door de Algemene Vergadering.